Der er flere forudsætninger for, at en audit skal have den tiltænkte effekt, herunder:

• Audit skal udføres af kompetent personale, dvs. uddannede auditorer. Der findes flere kompetencegivende auditoruddannelser med eksamen, men ofte vil en intern auditor kunne klare sig med et kursus uden eksamen og/eller intern træning.
• Hvis der skal laves ekstern audit hos leverandører, bør auditoren imidlertid være eksamineret Ledende Auditor.
• Audit skal udføres af personer, som er uvildige i forhold til det der auditeres!
• Der skal følges op på, at de korrigeringer der aftales på baggrund af afvigelser fundet ved auditen, rent faktisk bliver gennemført, samt er effektive til at fjerne årsagen til afvigelsen.

Der findes også nogle faldgruber i forbindelse med audit af ledelsessystemer:

• Når den interne auditor f.eks. har gennemført audit på et område nogle gange, er der en risiko for, at auditoren selv "vænner" sig til de pågældende personer og arbejdsmåder, hvorved auditoren måske ikke bibeholder den samme objektivitet og sunde kritiske holdning, som auditorrollen indebærer! Denne undergravning af auditens effektivitet, indtræffer som regel ubemærket over tiden!
• En anden faldgruppe kan være, at audits ikke gennemføres til den planlagte tid, pga. travlhed og andet, som har indflydelse på virksomhedens prioritering af opgaverne. Audits skal gennemføres til tiden! Effekten går tabt, hvis interne audits "køres af" i klumper, lige før certificeringen!
• Endvidere oplever mange virksomheder, at der ikke følges tilstrækkeligt op på de interne audits, og at korrigeringer ikke gennemføres som aftalt.